Версии:

1.       В книге «Бытие» сказано, что все народы, населяющие землю, произошли от трех сыновей единого человека, спасшегося при потопе Ноя: Сима, Хама и Иафета. Византийская, а затем и древнерусская традиция утверждала, что по разделении земли Иафету достались «полунощные страны и западные» и «от племени Афетова» произошли словене и «язык словенеск».  У Иафета был сын Мешех. Взаимная замена звуков «с» и «ш» обычна в русском языке. Летописец переделал Мешеха в Мосоха. «Некогда пришел Мосох Иафетович, шестой сын Иафетов, в ту местность, где сейчас Москва. И, придя, поселился на сем избранном высочайшем и всепрекрасном месте над двумя реками, на котором ныне стоит святой и всепревеликий град Москвы, названной по имени реки, под ним текущей. Но тогда когда Мосох пришел в сии места, река еще не имела названия, и он поименовал ее по своему имени и имени жены своей Квы».

2. ХVIII в. - слово «Москва» скифо-сарматского происхождения и  оно значит  «крутящаяся» или «искривленная».
3. ХIХ в. - в марийской легенде «О семи братьях и трех городах» выводилось название Москва из двух марийских слов, «маска» – медведь и «аав» – мать, и объяснялось возникновение его тем, что, мол, в этих местах водилось много медведей.
4. От коми-зырянского слова «моск» – корова. Москва – «коровья река».
5. Забелин И.Е. - от мостков, которые находились на реке и покрывали низкие топкие берега.
6. Салов Ф.И. - старинное наименование Москвы Москов считать составленным из двух корней – из «моск», что значит по-старославянски «кремень», и «ков», которое, если прочесть его как «хов» (ховати – прятать), может обозначать «укрытие». 
7. От финского слова «musta» – черный, грязный – Москва – это, «черная, грязная вода». 

8. Ильинский Г.А., Черных П.Я., Векслер А.Г. - с корнем «моск» у славян связывались представления о сырости, влажности, а форма «Москва» образовалась в результате склонения слова: сначала, имя основу «москы», оно приняло окончание винительного падежа «чвь», затем форма винительного падежа стала также и формой именительного.